Vlasti su, naravno, izvršile detaljnu istragu. Specijalna komisija je pregledavala brod i otkrila nekoliko zbunjujućih stvari. Na trupu ‘Meri Celest’ otkriveni su tragovi koji su govorili da se brod morao sudariti sa nečim nepoznatim. Bile su to ogrebotine nekim oštrim predmetom ili nečega što je potonulo. Tragovi su bili sa svake strane na visini od pedeset centimetara od linije porinuća. Da li je to bio trag nekog broda koji se suviše opasno približio ‘Meri Celest? To je bilo vrlo čudno. Prvo – odakle udarac sa obe strane broda? Drugo – taj tajanstveni brod morao bi da bude nešto nalik podmornici (1872. godine !!!), pa da posle otmice posade nestane tako brzo da ‘Dei gratia’ ništa ne primeti. Osim toga, na desnoj strani broda otkrivena je duboka brazgotina, čije poreklo nije utvrđeno i koja nije načinjena nekim tada poznatim oruđem ili instrumentom.
Pošto sudske vlasti nisu bile u stanju da nađu neko prihvatljivo rešenje celog slučaja, okrivile su … kapetana broda ‘Dei gratia’ – Murhauza i njegovu posadu! Optužili su ih da su poubijali celu posadu ‘Meri Celest’, a motiv ubistva je bio vrlo konkretan: nagrada za pronalaženje napuštenog broda i dragocenog tereta. A trebalo je da ta nagrada bude vrlo visoka.
Istraga je posle izvesnog vremena prekinuta. Posada sa ‘Dei gratia’ nije mogla četrnaest godina da zbaci sa sebe sumnju. Tek 1886. godine objavljeni su rezultati laboratorijskih nalaza koji su govorili da nisu nađeni nikakvi tragovi zločina.
Nestanak posade ‘Meri Celest’ nikada nije rasvetljen, a ceo slučaj sa ovim brodom podrobno je opisan u svim hronikama svetske plovidbe, a predstavlja jednu od karika u lancu tajanstvenih događaja koje niko nikada nije objasnio.