O nagađanjima i teorijama postojanja rukopisa mnogi su dali svoje ideje. Ipak ni jedna od njih nije potvrđena i još uvek nemožemo odrediti niti spoznati što se stvarno krije iza nerazumljivih redaka i čudnih ilustracija.
Najveći broj teorija govori da je knjiga zapravo neka vrsta srednjovekovne medicinsko-farmaceutske enciklopedije. Ipak brojne ilustracije nepostojećih biljaka predstavljaju sumnju. Nadalje neke astronomske ilustracije gotovo bez sumnje prikazuju galaksiju i planete. Ono što zbunjuje je činjenica da se takve ilustracije nisu mogle prikazati bez upotrebe teleskopa koji je pronađen tek 1608. Neke druge ilustracije prikazuju ljudske stanice sa pripadajućim elementima, ali mikroskop koji bi mogao prikazati takve detalje još nije bio pronađen za vreme pisanja Vojnićevog rukopisa.
Uzevši sve elemente rukopisa možemo zaključiti da je on ostao misterija u potpunosti. Čak ni bogate ilustracije ne odaju dovoljno dokaza kako bi došli do zaključka. U pokušajima dešifrovanja teksta oprobali su se mnogi bezuspešno već stotinama godina – još uvek se čeka na onoga koji će uspeti u tome.
Koje tajne leže u Vojnićevom rukopisu? Koliko će još vekova proći pre nego otkrijemo ovu misteriju? Za razliku od ostalih fenomena, paranormalnog i neobjašnjivog – ova misterija je pred nama i svima dostupna uprkos tome predstavlja prevelik napor za ljudski um koji ima tendenciju objasniti i obrazložiti neobjašnjivo. Ukoliko želite možete se i sami okušati u ovoj misiji, kompletno skenirane stranice Vojnićevog rukopisa u visokoj rezoluciji naći ćete ovdje – Yale University: Voynich manuscript.
Do onda ovaj misteriozni rukopis ostat će podsetnik na to da bez obzira na sav naš ljudski napredak, tehnologiju i nauku – neke misterije ostaće modernom čoveku izvan dohvata i shvatanja. Možda smo jednostavno toliko zaslepljeni svim našim dostignućima da više ni nismo sposobni razumeti drevnu nauku i njene mudrosti.