Postoji mnogo različitih načina za čišćenje kristala. Veoma je važno da svoje kristale redovno čistite, zbog štetne energije koja se na njima nakupila. Ako određeni kristal, kao što je ametist držimo na sunčevoj svetlosti – on će izbledeti. Da bi zadržao svoje prirodne nijanse, ametist mora stajati dalje od izvora jake sunčeve svetlosti. Čišćenje kristala pomoću mesečeve svetlosti traje nekoliko dana, tj. kristal treba da je izložen određenim mesečevim fazama, od mladog meseca do punog meseca. Nekim kristalima neće prijati čišćenje u vodi, dok će nekima odgovarati da budu potopljeni u svežoj vodi. Neke kristale treba čistiti pod mlazom tekuće vode i nežno istrljati čistom četkicom za zube. Štetnu energiju sa kristala takođe možemo očistiti tako što ćemo ih kaditi sa tamjanom ili nekim biljem, poput lavande, žalfije i kadulje. Čišćenje kristala se može obavljati pomoću sunčeve i mesečeve svetlosti. Jedan od načina je i čišćenje u morskoj vodi,a kao zamenu možete koristiti i običnu vodu u koju je stavljena morska so. Određeni kristali se mogu čistiti i u zemlji. Jedna manje poznata metoda je i čišćenje kristala u posudi u kojoj stoji smeđi integralni pirinač.