Kada se prođe kroz ulaz, uskim prolazom se stiže do prve prostorije. Tu je pronađeno ‘proročište’. Proročište je poluloptasta rupa u zidu, postavljena niže od usta čoveka prosečne visine. Otprilike je 60 cm u prečniku, tako da čovek može da govori kroz tu rupu. U zadnji deo pećine je uklesana iskrivljena linija ukrasa koja je služila kao rezonator. Glas onoga ko govori kroz rupu je pojačan i gromoglasno odjekuje kroz preostale odaje pećine, stvarajući efekat koji je sasvim sigurno uterivao strah u kosti primitivnim ljudima i navodio ih da da prinose svoje saplemenike na žrtvu biću koje govori ‘glasom Boga’.
Kroz uzani prolaz stiže se na donji nivo i u još jednu odaju. U centru ove prostorije nalazi se kružni kameni oltar sa žlebovima, o čijoj se ulozi samo može nagađati. U zidove prostorije uklesane su brojne niše, a u njima strukture nalik krevetima na sprat, sa šupljinama za glave, tela i stopala bića koja su bila visoka najviše oko 1,20 m a mnoga su, očigledno, bila i niža.Ispod ove prostorije je mali, tesni prolaz koji se završava još jednom velikom podzemnom odajom, odakle se kroz procepe u steni ulazi u ulazi u druge manje pećine koje okružuju tu prostoriju. Jedan otvor je, međutim, prozor koji gleda u drugu pećinu, a prekriven je velikom kamenom pločom. Prozor gleda na dole u ono što je, bez ikakve sumnje, morao biti zatvor. Kako su bića visoka jedva 1,20 m mogla da pomeraju tu ogromnu kamenu ploču, još uvek je misterija.
Otvor na zidu nasuprot ulazu u ovu pećinu, vodi u tesan, vijugav prolaz – to je ulaz u prave, prirodne pećine. Prolaz se završava stazom koja se proteže duž ivica ogromne pukotine u tlu, stazom uklesanom duž zastrašujućeg ponora koja vodi još niže, do dugačkog niza podzemnih tunela i pećina, kojima se može putovati čitavom dužinom ostrva, pa čak i dalje. Po legendi, ovi podzemni prolazi bili su u davna vremena povezani sa podzemnim kriptama koje čine današnje rimske katakombe. Postoji mogućnost da je ova legenda istinita – treba se prisetiti da je Mediteransko more stvoreno tek posle period neolita, tako što je došlo do kataklizmičnih tektonskih premeštanja zemljine kore. Ako su drevni tuneli i postojali i povezivali sva ta mesta, sasvim je moguće da su se urušili nakon strašnog zemljotresa koji je protresao planetu, a sećanje na njih je do nas stiglo u obliku legendi i narodnih priča.
Tuneli ispod Hipogeuma su zapečaćeni još otkako je jedan učitelj osnovne škole poveo u pećine 30 svojih učenika. Nestali su svi, učitelj, učenici i vodič. Vlasti su tvrdile da su se verovatno na njih obrušili zidovi. Spasilačke ekipe nisu pronašle nikakav trag nestalih. Pričalo se da su se na različitim delovima ostrva nedeljama čuli odjeci vriske i dozivanje izgubljene dece, ali niko nije uspeo da locira izvor zvuka. A ako su se zidovi zaista obrušili, kako to da niko nije uspeo da pronađe urušavanje i spase preživele? Misterija je i kako su deca uspela da prežive nedeljama, koliko su se njihova dozivanja i krici čuli? U svakom slučaju, posle tog nemilog događaja, svi ulazi u podzemlje Malte su zapečaćeni i nikome više nije dozovoljeno da istražuje.