Lociranje rukopisa kroz istoriju je težak zadatak, ponajviše zbog vremenskih rupa u kojima neznamo ko je bio njegov vlasnik. Prema načinu crtanja ilustracija, pre svega ilustracija ljudi i dvoraca, sa sigurnošću možemo tvrditi da je rukopis nastao negde u srednjovjekovnoj Evropi.
Prvi potvrđeni vlasnik rukopisa s početka 17. veka bio je tajanstveni alhemičar Džordž Bareš. Prema pisanim podacima znamo kako je i sam Bareš bio zbunjen oko sadržaja rukopisa. Saznavši za znamenitog kriptologa Atanasijusa Kirčera (slika levo), poslao mu je kopiju rukopisa.
Atanasijus Kirčer bio je jezuitski naučnik iz Collegio Romano univerziteta u Rimu). Iza sebe je imao već velike uspehe u dešifrovanju i kriptologiji – uspešno je preveo Coptic jezik – etiopsko pismo i egipatske hieroglife.Pismo koje je Bareš uputio Kirčeru 1639. prvi je sačuvani dokument u kojem se spominje misteriozni rukopis.
Kirčer se jako zainteresovao za tajanstveni rukopis i od Bareša je zatražio original. Ipak ovaj mu ga nije hteo dati i tek nakon smrti, rektor praškog univerziteta Johannes Markus šalje rukopis Kirčeru u Rim, 1666. godine. Ovo je ujedno i zadnji put da se rukopis spominje u idućih 200 godina.
Tek 1870. nakon što trupe Viktora Emanuela II aneksiraju papinske države u Italiju, možemo nastaviti proučavati istoriju Vojnićevog rukopisa. Nakon propasti papinske države jezuiti brzo i potajno prebacuju knjige iz Collegia Romana u privatne biblioteke – kako bi ih spasili od konfiskacije. Pod okriljem noći knjige su prebacivane u Villu Mondragone – veliku seosku palatu izvan Rima – zemljište kupljeno od strane Jezuita 1866. godine, a među knjigama našao je spas i misteriozni Vojnićev rukopis.
1912. Collegio Romano diskretno je prodao nekoliko knjiga, očito u nestašici novca. Vilfrid Vojnić kupio je 30-ak rukopisa, među njima i rukopis koji će nositi njegovo ime. Nakon Vilfredove smrti 1930. njegova udovica Etel Lilian Vojnić – poznata autorka i ćerka poznatog matematičara Džordža Bula, nasleđuje rukopis.
1960. umire i Etel, a rukopis dobiva njena prijateljica Ana Nil koja ga već iduće godine prodaje prodavaču antiknih knjiga Hansu P. Krausu. Pošto Kraus nije uspeo naći kupca, 1969. donira rukopis Univerzitetu Yale.